Situado en la popular Plaza de la Paja, en el barrio de La Latina, se encuentra este templo, uno de los pocos ejemplos representativos de la arquitectura gótica que se conservan en Madrid, que fue ordenado construir en 1520 por Francisco de Vargas, perteneciente a uno de los liinajes más poderosos de Madrid, los Vargas, para quienes trabajó el patrón de la ciudad, San Isidro. Las obras fueron acabadas en 1535 por su hijo, Don Gutierre de Vargas y Carvajal, Obispo de Plasencia, de quien la capilla ha adoptado el nombre con el que es más conocida. En 1931, fue declarada Monumento Nacional.
Oficialmente llamada Capilla de Nuestra Señora y San Juan de Letrán, a quien está dedicada su advocación, está situada sobre el solar de una antigua capilla erigida posiblemente por Alfonso VIII en una manzana propiedad de los Vargas. Se trata de un magnífico edificio que representa la transición del gótico (nave y ábside cubiertas por bóvedas góticas de crucería) al renacimiento (puerta y decoración interior) y que fue levantado como una capilla de la parroquia de San Andrés, con la que en un principio estaba comunicada. En el interior destaca el prodigioso retablo mayor, obra del palentino Francisco de Giralte, discípulo de Berruguete, quien lo concluyó hacia 1550 con la colaboración de Juan Villoldo el Mozo, que realizó la policromía.
El espacio es gestionado actualmente por el Arzobispado de Madrid, quien organiza visitas guiadas de unos 45 minutos de duración. Para participar en ellas es imprescindible reservar y abonar el importe de las entradas con antelación al día de la visita por correo electrónico. Los grupos son de hasta 25 personas en cada turno. Durante los meses de verano (julio y agosto), las visitas se suspenden reanudándose en el mes de septiembre.
Desde noviembre de 2025, se puede visitar de forma libre y gratuita todos los miércoles de 10:30 a 14:00 h.