Creado en junio de 1980, este museo reúne una colección importante de instrumentos y aparatos, con origen en distintos centros educativos y de investigación, testigos de la evolución de la ciencia y la tecnología, especialmente en España.
El museo contribuye a la educación científica efectiva y de calidad, conserva y pone en valor el patrimonio histórico científico y tecnológico, así como sirve de escaparate de la ciencia y tecnologías españolas. La institución cuenta con tres sedes: en Alcobendas (Madrid), inaugurada en 2014, donde se pueden visitar interesantes exposiciones; en Coruña; y en Madrid, en el Paseo de las Delicias, donde se encuentra la Biblioteca, el Archivo y el Almacén de piezas de la institución (visitable previa reserva), conformando un Centro de Investigación a disposición de los ciudadanos.
La primera sede en Madrid se ubicó en la antigua estación de ferrocarril Madrid-Delicias, sede además del Museo del Ferrocarril, cuya actividad expositiva comenzó años más tarde de su creación, en 1997. Esta sala se mantuvo abierta con gran éxito de público en sus muestras permanentes y temporales, así como en su amplio programa educativo, hasta marzo de 2014, fecha de su traslado a Alcobendas.
De sus fondos destaca la colección de instrumentos de los siglos XVI al XVIII cedidos por instituciones educativas como el Instituto San Isidro y el Instituto Cardenal Cisneros. Estas colecciones, que el museo valora y conserva con el rigor científico y académico que corresponde a este núcleo patrimonial tan significativo, suponen un vínculo directo y una continuidad con su labor educativa.
Las colecciones de instrumentos científicos de otros periodos posteriores llegaron desde otras instituciones educativas, como la Facultad de Ciencias Físicas de la Universidad Complutense de Madrid y otros centros como el Instituto Geográfico Nacional. A ellas se unieron colecciones industriales que el museo ha ido completando, permitiendo conocer y documentar la evolución de la tecnología, la industria y las ingenierías.
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