在罗马时期这个地方叫做康普鲁屯,距离现在的阿尔卡拉∙埃纳雷斯堡两公里。在当时,她是伊比利亚半岛最重要的城市之一,这在至今依旧保留完好的遗址中得以体现。罗马帝国统治时期的400年是它历史上辉煌灿烂的时代,这要归功于对埃纳雷斯河的开发利用、新道路的开通以及农业的发展。罗马之后,阿拉伯人来到了这里,并于850年在Nahar建造了A-Qalàt城堡,而现在的名字阿尔卡拉(Alcalá)就是从那儿来的。
在天主教徒的光复战争中,它在塔霍(Tajo)河谷流域起了重要的防御作用,城中增加了很多建筑并造起了城墙。城墙内同时居住着犹太人、穆斯林及基督徒,他们各自有自己的势力范围。十三世纪时阿尔卡拉成为托雷多大主教的领地,并修建了大主教宫(Palacio Arzobispal),这极大地提高了它的地位,并推动了当地经济的发展。
1293年,桑丘四世授予阿尔卡拉建立一座学院的特权,大学的兴建就此开始。但是其最光辉的时期是在西斯内罗斯枢机主教时代,这位主教在1499年建立了康普鲁顿大学。其初期的教育活动尚带有浓厚的宗教和神学色彩,并在教会教育方面起着非常关键的作用。但是它很快就把重心转向了人文、法律和文学并培育了像克维多、圣依纳爵‧罗耀拉和圣托马斯∙德∙维亚努埃瓦等杰出人物。然而1863年大学学院迁到了马德里,从此这里进入了一段衰落期,直到二十世纪中叶,工业化的进展和大学的回归才使它得以重振雄风。